O Programa para 18 meses das Presidências Alemã, Portuguesa e Eslovena no domínio do ambiente identifica as principais áreas transversais ao exercício das três Presidências, permitindo uma acção articulada nas questões mais relevantes. Pela sua importância e pelos desenvolvimentos que se perspectivam para o período referente à Presidência tripartida, este documento conjunto identifica como áreas prioritárias em matéria de ambiente as alterações climáticas, a biodiversidade, as tecnologias ambientais e a governação ambiental internacional. Relativamente ao Ordenamento do Território e ao Desenvolvimento Regional, destacam-se as actividades previstas no domínio da política estrutural e de coesão e das políticas urbanas.

Em matéria de alterações climáticas, o Programa reconhece que constituem um dos grandes desafios para o futuro, continuando a representar uma grande prioridade para a União, determinada que está em assumir a liderança nos esforços globais no combate a este problema. Das questões que, entre Janeiro de 2007 e Junho de 2008, estarão em debate neste domínio, destacam-se: a posição da UE tendo em vista um regime equilibrado e justo pós-2012; o desenvolvimento do Programa Europeu para as Alterações Climáticas e a integração do transporte aéreo no comércio de emissões. O Programa das três Presidências reconhece igualmente a necessidade de aumentar os esforços no que diz respeito à redução das emissões de CO2 de veículos, no desenvolvimento da captação e armazenagem de carbono bem como na gestão sustentável das florestas.

A nível externo, é ainda objectivo das três Presidências contribuir para assegurar o papel de liderança da UE nos fóruns internacionais, em especial na conferência e na reunião das partes da Convenção-Quadro das Nações Unidas sobre as Alterações Climáticas e no Protocolo de Quioto, a realizar em Dezembro de 2007.
A escassez de água e a seca são igualmente identificadas como questões importantes a tratar, constituindo temas aos quais a Presidência Portuguesa dará particular destaque.

Relativamente à biodiversidade, a acção das três Presidências terá como principal objectivo partilhado a promoção e aplicação de medidas com base na Comunicação da Comissão "Travar a perda de biodiversidade até 2010 – e mais além" e no seu plano de acção.

A nível internacional, no decorrer das três Presidências, terão lugar diversas reuniões das Partes de Convenções e Protocolos nas quais é responsabilidade da Presidência em exercício articular a posição da UE. Relativamente à Convenção sobre Biodiversidade, cuja 9ª Conferência das Partes se realizará em 2008, as prioridades da UE incluem progressos nas questões do acesso aos benefícios e partilha dos mesmos, biodiversidade das florestas e zonas protegidas, incluindo biodiversidade marinha, bem como o financiamento da protecção da natureza a nível global.
 
No que diz respeito à reunião das Partes do Protocolo de Cartagena, alguns dos temas mais relevantes serão as questões da responsabilidade civil e indemnizações por perdas e danos e o reforço das capacidades. Destaca-se ainda a preparação da Conferência das Partes da Convenção CITES em Junho de 2007, da Conferência das Partes da Convenção de Bona sobre a Conservação das Espécies Migratórias pertencentes à Fauna Selvagem e da Convenção de Ramsar sobre as Zonas Húmidas no final de 2008.

No domínio das tecnologias ambientais, a prossecução da aplicação do Plano de Acção sobre as Tecnologias Ambientais continuará a ser um ponto prioritário, tendo em vista alcançar uma política comunitária mais inovadora em termos ambientais. O Conselho abordará as diferentes propostas tendentes a reduzir ainda mais as emissões de gases e de ruído provenientes dos veículos automóveis e das máquinas móveis não rodoviárias.

Relativamente à governação ambiental internacional, as três Presidências consideram prioritária a exploração de um quadro institucional mais coerente para as actividades ambientais no âmbito do sistema da ONU. Continuarão assim a promover a posição da UE sobre a transformação do Programa das Nações Unidas para o Ambiente (PNUA) numa agência especializada da ONU ou ANUA.

A União prosseguirá ainda os trabalhos para garantir um elevado nível de protecção do ambiente. Assim, no contexto do Sexto Programa de Acção em Matéria de Ambiente, prosseguirão os trabalhos no quadro das estratégias temáticas para o ar, os resíduos, o ambiente marinho e a utilização sustentável dos recursos naturais e das estratégias para os solos e os pesticidas.

No domínio da política estrutural e de coesão, terá lugar no decorrer do exercício das Presidências o novo período de financiamento dos fundos estruturais da UE. Será também aberto o debate de análise e avaliação do anterior período de programação, com base no 4º Relatório de Coesão da Comissão.

A coesão territorial e o contributo da política regional para alcançar os objectivos da estratégias de Lisboa e desenvolvimento sustentável da UE, será um dos temas em discussão, nomeadamente através de reuniões ministeriais informais.

As Presidências reconhecem também a importância de uma política urbana integrada enquanto pré-requisito para a existência de cidades sustentáveis e para a implementação da estratégia de desenvolvimento sustentável da UE e comprometem-se a trabalhar para que exista um maior entrosamento entre as políticas regionais e urbanas e as políticas sectoriais.