O Conselho é também responsável pela Política Europeia de Segurança e de Defesa. Os Ministros da Defesa participam tradicionalmente nas sessões do Conselho de Assuntos Gerais e Relações Externas (CAGRE) duas vezes por ano, para além das suas reuniões informais que se realizam igualmente duas vezes por ano.

A União está a desenvolver, no contexto da PESC, uma política de segurança comum, abrangendo todas as questões relativas à sua segurança e incluindo a definição gradual de uma política de defesa comum. Esta política poderá conduzir a uma defesa comum, se o Conselho Europeu assim o decidir, sob reserva de uma decisão nesse sentido adoptada pelos Estados-Membros nos termos das respectivas normas constitucionais.

Para além de ter nomeado o primeiro "Alto Representante para a PESC", Javier Solana, o Conselho Europeu de Colónia, em Junho de 1999, colocou as missões de gestão de crises (as chamadas "missões de Petersberg") no cerne do processo de reforço da PESC. Estas missões de gestão de crises incluem missões humanitárias e de evacuação, missões de manutenção da paz e missões de forças de combate para a gestão de crises, incluindo missões de restabelecimento da paz.
 
O mesmo Conselho Europeu decidiu que "a União deve dispor de capacidade de acção autónoma, apoiada em forças militares credíveis, de meios para decidir da sua utilização e da vontade política de o fazer, a fim de dar resposta às crises internacionais, sem prejuízo das acções a empreender pela NATO."

Foi com base nestes pressupostos que, graças a um esforço continuado, se procedeu à criação de estruturas políticas e militares permanentes e ao desenvolvimento de capacidades civis e militares, incluindo a formulação, pela UE, de um conjunto de conceitos e procedimentos de gestão de crises. A União celebrou, além disso, acordos tendo em vista a consulta e a participação de países terceiros na gestão de crises.

A União definiu também com a NATO o enquadramento das relações entre as duas organizações, incluindo mecanismos que permitem à União recorrer a meios e capacidades da NATO.

- Prioridades da Presidência Portuguesa na área PESD
- Programa PESD da Presidência Portuguesa (pdf)